Pettinger wurde in Linz geboren. Nach der Matura ging er 1994 nach Innsbruck und begann ein Biologie-Studium. Während des Studiums arbeitete er bei diversen Radiostationen in Tirol als Moderator und Redakteur.
2006 wechselte er als Redakteur im Aktuellen Dienst und Sprecher für Radio und Fernsehen ins ORF-Landesstudio Tirol in Innsbruck. 2008 schloss Pettinger das Hochschulstudium Wirtschaft und Management am Management Center Innsbruck (MCI) ab. Das Studium absolvierte er neben seiner Tätigkeit beim ORF.
Von 2009 bis 2012 moderierte er die tägliche Fernsehsendung Tirol heute. Seit 2012 arbeitet er als Redakteur, Reporter und Moderator für die Zeit im Bild in Wien, zunächst im Ressort Innenpolitik, seit 2013 in der Info-Redaktion von ORF 1. Er hat mehrere Dokumentationen für die Doku-Reihe DOK 1 auf ORF 1 gestaltet, darunter Voyage, Voyage – Völkerwanderung 2.0 oder die im Libanon und Österreich zeitgleich gedrehte TV-Dokumentation Heimat-Verbunden. Durch Krieg und Flucht getrennt.
Im Jahr 2015 hat er für die Zeit im Bild live aus dem ungarisch-serbischen Grenzort Röszke berichtet. In dem Radio-Feature "Mit einem Warmen kein Pardon. Der Fall Franz Doms." setzt sich Jürgen Pettinger 2017 mit dem Leben eines homosexuellen Jugendlichen während des Nazi-Regimes, der systematischen Verfolgung von Homosexuellen und eventuellen Gemeinsamkeiten zur heutigen Zeit auseinander. Diese Hördokumentation wurde auch im SWR Radio in Deutschland ausgestrahlt.
Pettinger berichtet für den ORF regelmäßig auch vom Eurovision Song Contest aus den jeweiligen Austragungsländern. Seit Oktober 2018 moderiert er regelmäßig die Nachrichtensendungen ZIBflash, ZIB18, ZIB20 und ZIB24 auf ORF 1.
Aktuell moderiert er die Sendungen ZIB Flash, ZIB 18 und ZIB Nacht.